De BBC meldde woensdag op gezag van het Afghaanse ministerie van Onderwijs dat ongeveer 35.000 jongens en meisjes lessen missen.
Leerlingen en leraren zeggen dat ze zijn gewaarschuwd door opstandelingen en andere gewapende groepen om niet naar school te gaan.
Minister van Onderwijs Mohammad Hanif Atmar spoorde de bevolking aan om samen te werken met de regering om de veiligheid te verbeteren.
Het Afghaanse ministerie van Onderwijs zei eerder dit jaar dat het aantal leraren en leerlingen dat door aanvallen van opstandelingen worden gedood toeneemt.
De Taliban willen volgens het ministerie dat scholen hun deuren sluiten en dat jongens zich aansluiten bij de islamistische militie van de rebellen.
Volgens de Afghaanse regering proberen de Taliban de opbloei van het onderwijs te frustreren. Ze zijn ook tegen onderwijs voor meisjes.
In het zuiden en het oosten zijn al honderden scholen aangevallen door opstandelingen. De Afghaanse regering en haar bondgenoten zijn niet in staat om te zorgen voor een structurele verbetering van de veiligheidssituatie in het land.